Biodiesel gibt bei der Verbrennung annähernd soviel Kohlendioxid (CO₂) ab, wie die Pflanze beim Wachstum aufgenommen hat und trägt somit nicht zum Treibhauseffekt bei. Wird herkömmlicher Diesel durch Biodiesel ersetzt, so vermindert sich die Emission von Klimagasen um bis zu 4 kg CO₂-Äquivalent je Liter.
 
Biodiesel senkt deutlich die Emissionen von Diesel-Fahrzeugen:

• Biodiesel ist 10 mal "ungiftiger" als Speisesalz
• Biodiesel ist von Natur aus fast völlig schwefelfrei
• Biodiesel enthält kein Benzol und keine anderen Aromate
• Biodiesel ist biologisch so leicht abbaubar, wie Zucker. Er gefährdet bei Unfällen nicht Boden und Grundwasser (zugelassen in Wasserschutzgebieten)
• Biodiesel ist kein Gefahrgut. Wegen des höheren Flammpunkts bei ca. 170° C kann Biodiesel sicherer transportiert werden
• Das Krebsrisiko durch Emissionen wird um 90% abgemindert
• Weltweit beträgt die Verfügbarkeit von Mineralöl nur ca. 40 Jahre und die von Erdgas nur ca. 65 Jahre. Biodiesel ersetzt diese nicht nachwachsende Rohstoffe und verlängert damit ihre Verfügbarkeit